В 1995 году, когда гранж волна пошла на спад, Mudhoney, опять пошли против течения, и смешали своё старое звучание с новым. Так появился альбом «My Brother The Cow», который очень понравился фанатам. Однако критики альбом не восприняли, и всячески принижали его достоинства. Несмотря на это группа не перестала экспериментировать, и спустя три года в 1998, вышел новый студийник «Tomorrow Hit Today», на котором отчётливо ощущалось влияние блюз-рока. (У меня в том же 98-м произошла забавная история связанная с группой, мне нужно было сдавать тесты по английскому, вместо того чтобы готовится сидел и слушал новый альбом. И в итоге сдал отлично, с тех пор у меня традиция, перед ответственными мероприятиями слушаю Mudhoney) И хотя на концерты группы ходило больше людей, чем когда либо, Reprise, разорвали контракт с группой, а чуть позже группу покидает басист Мэтт Лукин. Однако Mudhoney, успевают выпустить сборник «March to Fuzz», который стал чем-то вроде ретроспективы по творчеству группы.
Несмотря на все прогнозы, группа не распалась. Mudhoney по прежнему гастролировала. А после того, как в группу пришёл новый басист Гай Меддисон, Mudhoney, вернулись на Sub Pop, и записали новый альбом «Since We’ve Become Translucent», который вышел в 2002 году. А уже в следующем, группа вновь засела в студии. Правда альбом вышел только спустя три года в 2006, и получил название «Under A Billion Suns». Альбом получился хороший, и был принят и фанатами и критиками. После этого Mudhoney, продолжили концертную деятельность, плодом которой стал концертный альбом «Live Mud», вышедший в 2007. А уже на следующий год, свет увидел очередной лонгплей «The Lucky Ones». После этого группа снова отправилась в тур…